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关于税负。草案以现行排污费收费标准作为环境保护税的税额下限，规定大气污染物税额为每污染当量1.2元；水污染物税额为每污染当量1.4元；固体废物按不同种类，税额为每吨5元至1000元；噪声按超标分贝数，税额为每月350元至11200元。同时，兼顾目前部分省、直辖市上调了排污费收费标准且有的省、直辖市收费标准较高的情况，规定省、自治区、直辖市人民政府统筹考虑本地区环境承载能力、污染物排放现状和经济社会生态发展目标要求，可以在《环境保护税税目税额表》规定的税额标准基础上，上浮应税污染物的适用税额，报同级人大常委会决定，并报全国人大常委会和国务院备案。（第六条）

关于税收优惠。草案规定了5种免税情形：一是为支持农业发展，对农业生产排放的应税污染物免税，但鉴于规模化养殖对农村环境威胁较大，未将其列入免税范围；二是考虑到现行税制中已有车船税、消费税、车辆购置税等税种对机动车的生产和使用进行调节，因此，对机动车、船舶和航空器等流动污染源排放的应税污染物免税；三是对依法设立的城镇污水集中处理、生活垃圾集中处理场所向环境达标排放的应税污染物免税，对工业污水集中处理场所不予免税；四是为鼓励固体废物综合利用，减少污染物排放，对纳税人符合标准综合利用的固体废物免税；五是国务院批准免税的其他情形。（第十二条第一款）为鼓励企业通过采用先进技术减少污染物排放，草案规定：纳税人排放应税大气污染物和水污染物的浓度值低于国家或者地方规定的污染物排放标准50%的，减半征收环境保护税。（第十三条）

关于税收征管。草案规定：纳税人应当依法如实办理纳税申报，对申报的真实性和完整性承担责任（第十九条）；税务机关依法征收管理，环境保护主管部门负责依法对污染物监测管理（第十四条）；环境保护主管部门和税务机关应当建立涉税信息共享平台和机制，定期交换有关纳税信息资料（第十五条）。此外，草案对环境保护税应税污染物计税依据的确定方法（第七条），应税污染物的计算方法和顺序（第十条），应纳税额的计算方法（第十一条）等作了规定。

征收环境保护税不免除纳税人环境违法行为应承担的民事责任、行政责任。